Шамиль Валидов. Биологический контроль корневой гнили томатов бактериями рода Pseudomonas в исскуственном субстрате (каменном волокне). Специальность микробиология, молекулярная биология, диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук, диссертация на английском языке

Биологический контроль корневой гнили томатов бактериями рода Pseudomonas в исскуственном субстрате (каменном волокне)

Работа выполнена в лаборатории молекулярной микробиологии Института Биологии Лейденского Университета

Специальность: Микробиология, Молекулярная биология

Акад. РАСХН, проф., доктор философии (PhD) Э. Люгтенберг к.б.н. Ф.Д. Камилова

Защита диссертации состоится 6 декабря 2007 г. в 13 час. 45 мин. на заседании диссертационного совета Лейденского Университета по адресу: Lokhorstkerk, Pieterskerkstraat 1, Leiden, The Netherlands

в библиотеке Лейденского Университета (Leiden, The Netherlands)

в Королевской библиотеке Нидерланды (The Hague, The Netherlands)

в Научной библиотеке им.Н.И. Лобачевского Казанского государственного

(г. Казань, Республика Татарстан, Российская Федерация)

в библиотеке Института Биохимии и Физиологии Микроорганизмов РАН (г. Пущино, Московская область, Российская Федерация) Низкие цены на бюстгальтеры. корректирующее белье.

(г. Казань, Республика Татарстан, Российская Федерация)

в научной библиотеке ГНУ "Всероссийский научно-исследовательский институт

(п\о Большие Вяземы, Московская область, Российская Федерация)

Электронная версия диссертационной работы размещена на интернет сайтах:

Председатель диссертационного совета Проф., магистр П.Ф ван дер Хяйден

Заболевания растений являются одним из факторов серьезно ограничивающих продуктивность сельского хозяйства во всем мире. Ежегодный ущерб, причиняемый фитопатогенными микроорганизмами, значительная часть которых представлена паразитическими грибами, составляет, по разным оценкам, от 15 до 20% общей продуктивности мирового растениеводства. Ранняя диагностика заболеваний растений, например, методами на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР), позволяет обнаружить следовые количества патогенных микроорганизмов в максимально сжатые сроки (Lievens and Thomma, 2005), выбрать и своевременно применить меры защиты, что снижает экономические риски сельского хозяйства связанные с заболеваниями растений.

В настоящее время химические пестициды являются наиболее востребованным инструментом в защите растений. Токсичность этих агрохимикатов для окружающей среды, персонала сельскохозяйственных (с/х) предприятий и конечного потребителя с/х продукции общеизвестна и вызывает серьезную озабоченность в обществе. Введенные Европейским Союзом ограничения на использование химических пестицидов в тепличных хозяйствах стимулировали поиск альтернативных методов борьбы с заболеваниями растений. Одним из таких методов является применение биологических препаратов, которые в отличие от химических пестицидов безвредны для окружающей среды и потребителя (Cross and Polonenko, 1996; Montesinos, 2003; Lugtenberg and Bloemberg, 2004). Не смотря на значительный перечень зарегистрированных биопрепаратов (Koch, 2001) и очевидные преимущества, они пока не находят широкого применения в с/х. Причина такого пренебрежения, коренится не только в сложных и дорогих процедурах сертификации биопестицидов, но и в нестабильности их защитного эффекта в полевых условиях (Fravel, 1999). Варьирующие условия окружающей среды могут оказывать значительное влияние на защитные свойства микроорганизмов (Lee and Cooksey, 2000; Tomashow and Weller, 1996; Duffy and Defago, 1997, van Rij et al., 2005), что сказывается на эффективности биопрепаратов.

Условия культивирования растений в тепличных хозяйствах отличает большая постоянность, что предполагает также стабильный защитный эффект от применения биопестицидов (Paulitz and Belanger, 2006). Использование каменного волокна (КВ), в качестве субстрата для роста, повысило продуктивность растений и избавило от таких почвенных вредителей как фитопатогенные нематоды. Поражение растений фитопатогеными грибами в КВ возможна, поскольку споры этих микроорганизмов могут передаваться по воздуху, вноситься вместе с растительным материалом и затем распространятся от растения к растению циркулирующим в системе питательным раствором (Brayford, 1996; Postma et al., 2000). Было установлено, что присутствие непатогенных микроорганизмов в КВ защищает растения от поражения фитопатогенным грибом Pythium afanidermatum (Postma et al., 2000). Инокуляция КВ тщательно подобранными микроорганизмами в начале культивации, очевидно, может защитить растения от патогенов. С учетом ограниченного набора химических пестицидов разрешенных к применению в тепличных хозяйствах, биопестициды становятся привлекательным альтернативным методом защиты растений в высокотехнологичных и контролируемых условиях искусственных субстратов в теплицах.

Исследования, описанные в данной работе, направлены на создание средств биологического контроля корневой гнили томатов, вызванной патогенным грибом Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici (Forl) в условиях КВ в теплице. В соответствии с поставленной целью были определены следующие задачи:

Разработка метода накопительной культуры для выделения бактерий, которые
могут защитить растения от фузариозной корневой гнили (биоконтрольные
бактерии; Глава 2)

Выделение биоконтрольных бактерий с использованием этого нового метода,
адаптированного к условиям КВ, и характеризация этих бактерий (Глава 3).

Исследование механизма контроля корневой гнили томатов используемого
штаммом P. putida PCL1760 - наилучшим биоконтрольным агентом, выделенным с
помошью метода накопительной культуры (Глава 4),

Изучение разнообразия Fusarium oxysporum - модельного фитопатогена,
использованного при изучении биоконтроля фузариозной корневой гнили томатов
(Глава 5)

Количественное определение биомассы Fusarium oxysporum в растительных тканях
для обнаружения инфекции томатов данным патогеном (Глава 6)

Испытание защитных (биоконтрольных) свойств штамма P. putida PCL1760 по
отношению к фузариозной гнили томатов в промышленный условиях в
сертифицированной теплице. Оценка эффективности биологической защиты
(биоконтроля) с помощью рутинных и молекулярных методов.

Настоящая работа является частью проекта (LBI.5884) «Селекция микроорганизмов, оптимально приспособленных для контроля заболеваний растений, вызванных паразитическими грибами в условиях исскуственного субстрата - каменного волокна» поддержанного Службой Технических Наук, Отделения Прикладных Наук Голландской организации Научных Исследований и Технологических Программ Минестерства Экономики Королевства Нидерланды.

Результаты, полученные в данной работе, являются оригинальными и несомненно имеют теоретическую ценность. В ходе работы выделены бактерии, подавляющие корневую гниль томатов за счет конкуренции с фитопатогеном за пространство и питательные вещества в ризосфере. До настоящего времени, этот механизм биоконтроля описывался только как теоретически возможный, причем защитный потенциал этого механизма в реальных условиях подвергался сомнению.

Предполагается, что вегетативные группы совместимости Fusarium oxysporum состоят из штаммов происходящих от одного и того же клона (клональная теория эволюции), поскольку половой процесс для этого вида грибов не описан. Изучение разнообразия фитопатогенных штаммов Fusarium oxysporum выявило гетерогенность внутри вегетативных групп совместимости, что отвергает клональную эволюцию специальных форм и групп вегетативной совместимости этого патогена.

Предложенный нами метод мониторинга фитопатогенных штаммов Fusarium oxysporum, вызывающих корневые гнили растений, является на сегодняшний день единственным способом, пригодным для различения фитопатогенных и сапрофитных штаммов для конкретного вида растений. Метод мониторинга, разработанный и примененный в данном исследовании, может быть использован для фитосанитарного контроля томатов (растений) без дополнительных модификаций.

Предложенный метод накопительных культур и последующие стадии селекции позволяют выделять бактерии пригодные для защиты растений из образцов ризосферы для нужд тепличных хозяйств в сжатые сроки.

Изолированный в ходе настоящей работы штамм P. putida PCL1760 является активным средством защиты растений , эффективность которого доказана в промышленных условиях в сертифицированном тепличном хозяйстве.

Материалы диссертации были представлены на следующих конференциях:

Second International Symposium on Tomato Diseases 8-12 October, 2007, Kusadasi,
Turkey

IOBCwprs Working Group "Multitrophic Interactions in Soil" June 24-27, 2007, Dijon,
France,

10th International Congress on Pseudomonas, August 27-31, 2005, Marseille, France

IOBCwprs Working Group "Multitrophic Interactions in Soil" June 5-7, 2005,
Wageningen, Netherlands

По материалам диссертации опубликовано 3 статьи и 7 тезисов.

Диссертация состоит из общего введения, включающего обзор литературы, из шести экспериментальных глав, общего обсуждения, выводов, и списка литературы, изложенных на английском языке; краткого изложения диссертационной работы на голландском языке и краткого изложения данной работы на русском языке. К диссертации также прилагаются биография автора (англ. яз) и перечень его публикаций. Диссертация изложена на 188 страницах машинописного текста, содержит 17 рисунков и 17 таблиц, нумерация которых возобновляется в каждой главе. Список литературы включает 235 источников.

Бактерии, защищающие растения от Forl в почве и каменной вате, могут быть изолированы из образцов ризосферы методом накопительной культуры, основанной на конкурентной колонизации корня растений (Главы 2 и 3)

Бактерии, способные защитить растения от фитопатогенов (агенты биоконтроля), могут быть отобраны из образцов ризосферы методом накопительной культуры, основанном на конкурентной колонизации корня растений. Этот метод позволяет селектировать бактерии, которые агрессивно колонизируют корневую систему растения. Теоретически эти бактерии могут осуществлять защиту растений (биоконтроль) за счет конкуренции с патогенными микроорганизмами за питательные вещества и пространство в ризосфере (Lugtenberg et al., 2001). Во второй и третьей главах описывается выделение бактерий, подавляющих развитие корневой гнили томатов, вызванной Forl, предположительно посредством механизма конкуренции за питательные вещества и пространство в ризосфере (конкуренция за экологические ниши). Эти бактерии были селектированы из образцов ризосферы с помощью метода накопительной культуры, где собственно само растение отбирает наиболее активных колонизаторов корневой системы. Возможность подобного отбора отличает микроорганизмы, контролирующих фитопатогены посредством механизма конкуренции за экологические ниши от биоконтрольных агентов, использующих другие механизмы для защиты растений. Например, для выделения антагонистов возможен пре-скрининг выделенных микроорганизмов in vitro, но никаких процедур, облегчающих поиск микроорганизмов, инициирующих системную устойчивость растений, пока не существует.

В процессе работы накопительной культуры, изначальное разнообразие микроорганизмов в ризосфере экспериментальных растений изменяется таким образом, что бактерии, колонизующие корень наиболее активно, становятся преобладающей частью микробного сообщества. Бактериальные изоляты, отобранные в конце накопительной культуры, с большой вероятностью являются клонами одних и тех же штаммов, что и наблюдалось в наших экспериментах (Главы 2 и 3). Мы разработали метод выявления клонов среди изолированных штаммов, благодаря чему объем работ по тестированию изолятов был значительно сокращен. (Validov et al., 2007= Глава 3).

Среди выделяемых активных колонизаторов были обнаружены штаммы, принадлежащие к потенциально патогенным видам. Эти результаты согласуются с сообщениями, в которых указывается, что многие патогены являются также хорошими корневыми колонизаторами (Berg et al., 2005). Многие патогены животных и человека обнаружены в ризосфере растений, где они могут контролировать заболевания растений (Bano and Musarrat, 2003; Berg et al., 2005; Egamberdiyeva et al., в печати). Поскольку применение этих микроорганизмов в сельском хозяйстве не допустимо (Anonymous, 1999), патогены должны быть распознаны и как можно раньше изъяты из экспериментов. Мы идентифицировали потенциально патогенные штаммы на основе сравнения последовательностей 16S рДНК и не использовали их в последующих экспериментах (Validov et al., 2007).

При регистрации биопестицида, антибиотики, производимые агентом биоконтроля, являются скорее недостатком, поскольку требуют дополнительных тестов на токсичность для человека и животных. Из 13 штаммов выделенных с использованием разработанного нами метода накопительной культуры, основанной на конкурентной колонизации корня растений, только три синтезировали антигрибные метаболиты. Это показывает, что предложенный нами метод не способствует выделению антагонистических штаммов (Главы 2 и 3).

Данный метод накопительной культуры может быть модифицирован в зависимости от условий, в которых будет применен агент биоконтроля (Validov et al., 2007). Использование метода накопительной культуры описанного в главах 2 и 3 позволяет выделять непатогенные, неантагонистические биоконтрольные бактерии из образцов ризосферы растений, взятых из географических точек, где впоследствии планируется применение биопрепаратов, созданных на основе этих бактерий.

Активные колонизаторы могут защищать растения за счет механизма конкуренции с фитопатогеном за экологическую нишу.

В настоящее время описаны четыре механизма биоконтроля заболеваний вызванных грибными фитопатогенами: (1) антибиозис, (2) индукция системной устойчивости растения, (3) хищничество/паразитизм и (4) конкуренция за экологические ниши. Многие известные агенты биоконтроля используют несколько механизмов для защиты растения от грибного патогена. Например: и продукция антибиотиков и эффективная колонизация важны для контроля грибных заболеваний растений штаммами P. chlororaphis PCL1391 (Chin-A-Woeng et al., 1998; Chin-A-Woeng et al., 2000) и P. fluorescens strain Q8r1-96 (Mavrodi et al., 2002). Колонизирующая активность штамма P. сhlororaphis О6 важна для развития полноценного системного ответа растения (Num et al., 2006). Штаммы Trichoderma ssp., которые контролируют Forl посредством хищничества/паразитизма, являются также превосходными колонизаторами (Bolwerk et al., 2005).

В приведенных примерах высокая колонизационная способность, которая является основой механизма конкуренции за экологические ниши, рассматривается как средство, которое помогает агенту биоконтроля заселить ризосферу/ризоплану и достичь в этой нише численности необходимой для эффективного контакта с фитопатогеном или для стимуляции системной устойчивости растения. Псевдомонады P. fluorescens PCL1751 (Глава 2) и P. putida PCL1760 (Глава 4) контролируют фузариозную корневую гниль томатов благодаря своим экстраординарным колонизирующим способностям. Эти штаммы быстро заселяют ризосферу томатов и эффективно используют питательные вещества из корневых экссудатов. Активное потребление питательных веществ лишает /гу/источников углерода, которые нужны этому грибу для роста (Рис. 4.4), и возможно дезориентирует направленный рост гиф фитопатогена, поскольку хемоаттрактанты (органические кислоты и т.д.) потребляются агентом биоконтроля.

При культивировании растений в каменной вате, в которую биоконтрольные агенты вносили в качестве суспензии клеток в питательном растворе для растений, подвижность штамма не играла значительную роль в контроле заболевания томатов корневой фузариозной гнилью (Глава 4). Было показано, что способ внесения агента биоконтроля в КВ обеспечивает достаточный уровень колонизации как субстрата, так и корня томата (Глава 4, Рис. 5). Вероятно поэтому, быстрое потребление питательных веществ было достаточным условием для снижения заболеваемости растений в условиях КВ (Глава 4).

Определение механизма действия необходимо для регистрации биоконтрольного штамма и его дальнейшего коммерческого применения. В случае антагонистических штаммов, антигрибные метаболиты могут быть токсичны для человека и животных, или быть причиной аллергических реакций (Skrobek et al., 2006). Непатогенные бактерии, защищающие растения посредством механизма конкуренции за экологические ниши, лишены этого недостатка, что, несомненно, облегчит регистрацию биопрепаратов на основе таких микроорганизмов.

Генетическая изменчивость грибов, в том числе и фитопатогенных, обусловлена обилием мобильных элементов и избыточностью их геномов (Teunissen et al., 2003). Это объясняет быстрое возникновение рас фитопатогенных грибов, устойчивых к химическим фунгицидам. Сходным образом может возникнуть устойчивость к токсичным веществам, синтезируемым агентами биоконтроля. Кроме того, некоторые штаммы фитопатогенных грибов выделяют вещества, которые подавляют продукцию вторичных метаболитов у бактериальных штаммов - агентов биоконтроля (van Rij et al., 2005), или даже метаболизируют антигрибные вещества (Schouten et al., 2004). Все эти защитные механизмы фитопатогенных грибов снижают эффективность биоконтроля, основанного на механизме антибиозиса.

Агент биоконтроля, использующий механизм конкуренции за экологические ниши, является суперколонизатором корней. Поскольку колонизационные способности штаммов и их приспособленность к условиям ризосферы являются результатом доведенного до совершенства балланса в экспрессии генов, трудно представить, что случайные единичные изменения в грибном геноме могут породить штамм, который превосходит в колонизационных способностях биоконтрольный штамм суперколонизатор. Таким образом, биопестициды основанные на бактериальных штаммах, использующих механизм конкуренции за экологические ниши, могут стать идеальным с точки зрения эффективности и безопасности инструментом стабильного биоконтроля.

Гетерогенность и мониторинг фитопатогенных штаммов Fusarium oxysporum (Главы 5 и 6)

Фитопатогенные и сапрофитные штаммы Fusarium oxysporum (Fox) встречаются повсеместно, практически в любом типе почв (Burgess 1981). Среди патогенных штаммов различают 150 специальных форм (formae speciales), представители которых специфично паразитируют на определенном виде растений (Baayen et al., 2001). Диагностика инфекций очень важна в условиях промышленного выращивания растений. Поскольку патогенные и непатогенные формы Fox могут присутствовать в ризосфере, определение ДНК этого микроорганизма в растительном материале не означает, что растение подверглось атаке патогенным штаммом Fox и вскоре будет им повреждено (Глава 6). Для большинства formae speciales генетические детерминанты патогенности к тому или иному растению неизвестны. Мультикопийные регионы, такие как рибосомальные гены, могут служить удобной мишенью для разработки праймеров и, соответственно, высокочувствительного мониторинга этого патогена, если между formae speciales существуют генетические различия в этих регионах. Мы сравнили 33 штамма Fox из семи разных formae speciales используя следующие критерии: (1) патогенность по отношению к томатам (Lycopersicon esculentum), огурцам (Cucumis sativum) и лилейным декоративным культурам (Глава 5); (2) вегетативная совместимость; (3) нуклеотидная последовательность межгенной области между 28S и 18S рРНК генами (IGS). Было показано, что четыре из семи специальных форм гетерогенны, т.е. содержат штаммы значительно отличающиеся по последовательности IGS. Более того, даже представители одной и той же группы несовместимости могут сильно различаться по последовательностям IGS. Наблюдаемая гетерогенность противоречит догме происхождения групп вегетативной совместимости и уж тем более специальных форм от единого предкового штамма (Глава 5).

Все 33 исследованных штамма были способны колонизировать растения томатов эндофитно (Глава 5). Тем не менее только заражение Fox f. sp. radicis-lycopersici (Forl) приводило к развитию корневой гнили на опытных растениях. Для того, чтобы выявить различия между патогенным и непатогенным штаммом, мы исследовали колонизацию томатов штаммами Fox f. sp. radicis-lycopersiciZUM2407 (корневая гниль томатов), Fox f. sp. lycopersici 004 (фузариозное увядание томатов), Fox f. sp. radicis-cucumerinum V03-2g (корневая гниль огурца) и Fox Fo47 (непатогенный биоконтрольный штамм). Концентрация ДНК фузариев в растениях томатов определялась методом количественной ПЦР (qPCR); фрагмент IGS был выбран в качестве мишени для амплификации. Результаты молекулярного мониторинга грибов соответствовали результатам визуального определения симптомов болезни через три недели после заражения штаммом Forl ZUM2407. Наши результаты свидетельствуют, что использование фрагментов рибосомального оперона в качестве мишеней для qPCR позволяет осуществлять высокочувствительную детекцию ДНК Fox в растении. Выявленные различия показывают, что можно говорить о заражении фитопатогенным штаммом специфичным к данному растению, при обнаружении ДНК Fox в концентрации выше 50 fg в нанограмме растительной ДНК (>0.005%).

Биоконтроль фузариозной корневой гнили томатов в промышленных условиях (Глава 7)

Штамм Pseudomonas putida PCL1760, являющийся превосходным колонизатором, был выделен методом накопительной культуры, основанной на конкурентной колонизации корня томатов (Глава 3). Используя механизм конкуренции за экологические ниши в ризосфере, данный штамм демонстрирует стабильное подавление фузариозной корневой гнили томатов (Главы 3 и 4). Pseudomonas putida является видом, в котором не выявлено патогенных штаммов. Поэтому для штаммов этого вида псевдомонад нет ограничений для использования в сельском хозяйстве (Anonymous 1999). В условиях in vitro, данный штамм не производит антигрибные метаболиты или экзоферменты ингибирующие Forl (Глава 4). Отсутствие выделяемых токсических веществ облегчает регистрацию штаммов для использования в сельском хозяйстве. Таким образом штамм P. putida PCL1760 соответствует требованиям биологической безопасности.

Таблица 1. Эффективность биоконтроля фузариозной корневой гнили томатов штаммом P. putida PCL1760 в лабораторных экспериментах

Различия в уровнях заболеваемости между обработками определялись с помощью анализа

вариаций (ANOVA), и сравнение средних проводилось с помощью теста Фишера по наименее

*Только в этом эксперименте различие между вариантами не было значимым.

Снижение уровня заболеваемости корневой гнилью определялось как процент уменьшения

количества больных растений. Результат негативного контроля считался за 100% проявление

Промышленные испытания штамма PCL1760 были проведены на базе сертифицированных теплиц (PPO, Bleiswijk, The Netherlands). Результаты этих испытаний показали, что штамм P. putida PCL1760 подавляет фузариозную корневую гниль томатов в условиях исскуственного субстрата - каменной ваты, и снижает негативное влияние фитопатогена на прорастание семян и рост растений томата (Глава 7).

С помощью qPCR было показано, что растения выращенные в присутствии агента биоконтроля P. putida PCL1760, содержат в 5 раз меньше ДНК Forl ZUM2407 (Глава 7). Следует отметить, что Mycostop®Biofungicide (Kemira Agro OY, Helsinki, Finland), которой рекомендован этой компанией как средство борьбы с корневыми гнилями томатов, не подавлял развитие этой болезни.

Лабораторные условия, которые были использованы в наших экспериментах, были близки к промышленным условиям теплиц: те же субстрат, сорт томатов, питательный раствор для растений и фитопатоген (Главы 3 и 4). Штам P. putida PCL1760 демонстрировал высокий (>50% подавление болезни) и стабильный биоконтроль фузариозной гнили томатов во многих экспериментах с разным уровнем заболеваемости растений (Таблица 1). Результаты промышленного испытания (Глава 7) подтверждают полученные ранее лабораторные результаты, что позволяет предложить штамм P. putida PCL1760 для создания биологического препарата использования в теплицах с искусственным субстратом в качестве надежного и безопасного средства защиты растений.

Метод накопительной   культуры, основанный на   конкурентной колонизации
корня      растения,      способствует     выделению      штаммов     с      высокими
колонизирующими   способностями.   Существенная   доля   выделенных   таким
образом штаммов способна снижать заболеваемость растений, вызванную Forl.

Штаммы P. fluorescens PCL1751 и P. putida PCL1760 являются первыми
выделенными и изученными бактериями ингибирующими фитопатоген
исключительно посредством механизма конкуренции за экологические ниши.

Специальные формы, а также группы вегетативной совместимости у вида
Fusarium oxysporum могут состоять из генетически неродственных штаммов.

Инфекцию растения фитопатогенным штаммом и колонизацию непатогенным
штаммом Fusarium oxysporum можно различить по концентрации ДНК гриба в
растительном материале.

Штамм P. putida PCL1760 является безопасным агентом биоконтроля,
эффективность которого доказана в промышленных условиях.

Curriculum vitae

Shamil Zavdatovich Validov was born on the 5th of March 1971 in Kazan, Republic Tatarstan, Russian Federation. He attended high school No 111. In 1988 he entered the Kazan State University. In 1993 he received his Master degree in genetics. In the same year he joined the Laboratory of Plasmid Biology at the Institute of Biochemistry and Physiology of Microorganisms of the Russian Academy of Sciencies in Biology Centre of Excellence in Puschino near Moscow. In 2001, within the framework of a NWO-sponsored cooperation between The Netherlands and Russian Federation (NWO-3 Project N. 047.007.020 "Enhancing Effectiveness of Bacterial Inoculants for Sustainable Agriculture"), he visited the Dept. of Molecular Microbiology at the Institute of Biology of Leiden University. Under the supervision of Dr. G.V. Bloemberg he studied the influence of the genes of polyaromatic hydrocarbon degradation pathways on the synthesis of secondary metabolites of plant growth promoting Pseudomonas strains. In 2002 he visited the Dept. of Plant Pathology, Laboratory of Dr. L. Thomashow, Washington State University, Pullman, WA, USA on a Short Term Scholarship. As a visitor scientist he studied the distribution of bacteriocin production among soil Pseudomonas strains, active plant disease control agents and the impact of bacteriocins on competition between bacteria in the rhizosphere. From September 1st 2003 through December 31st 2007 he was working on his PhD thesis "Biocontrol of tomato foot and root rot by Pseudomonas bacteria in stonewool" at Leiden University, Institute of Biology, Dept. of Molecular Microbiology under the supervision of Prof. Dr. E.J.J. Lugtenberg and Dr. F. Kamilova.

Publications

Dilfuza Egamberdieva, Faina Kamilova, Shamil Validov, Laziza Gafurova, Zulfiya Kucharova, Ben Lugtenberg High incidence of plant growth-stimulating bacteria associated with the rhizosphere of wheat grown on salinated soil in Uzbekistan Environ. Microbiol. (OnlineEarly Articles) doi:10.1111/j.1462-2920.2007.01424.x

Validov,S., Kamilova,F., Qi,S., Stephan,D., Wang,J.J., Makarova,N., and Lugtenberg,B. (2007) Selection of bacteria able to control Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici in stonewool substrate. 1 Appl. Microbiol. 102: 461-471.

Shurkhno,R.A., Validov,S.Z., Boronin,A.M., and Naumova,R.P. (2006) Modeling of lactic acid fermentation of leguminous plant juices. Applied Biochemistry and Microbiology42: 204-209. (in Russian)

Validov S., Qi S., Azarova T., Kamilova F. and Lugtenberg B. (2006) Heterogeneity of Fusarium oxysporum strains isolated as formae specialis radicis-lycopersici, IOBC/wprs Bulletin Vol. 29 Working Group "Multitrophic Interactions in Soil and Integrated Control ”, Proceedings of the meeting at Wageningen (The Netherlands), 5-8 June, 2005. Edited by: Jos M. Raaijmakers & Richard Sikora. Pp151-156

Kamilova,F., Validov,S., Azarova,T., Mulders,I., and Lugtenberg,B. (2005) Enrichment for enhanced competitive plant root tip colonizers selects for a new class of biocontrol bacteria. Environ. Microbiol. 7: 1809-1817.

Shurkhno,R.A., Gareev,R.G., Abul'khanov,A.G., Validov,S.Z., Boronin,A.M., and Naumova,R.P. (2005) Fermentation of high-protein plant biomass by introduction of lactic acid bacteria. Applied Biochemistry and Microbiology 41: 69-78. (in Russian)

Validov,S., Mavrodi,O., De La Fuente,L., Boronin,A., Weller,D., Thomashow,L., and Mavrodi,D. (2005) Antagonistic activity among 2,4-diacetylphloroglucinol-producing fluorescent Pseudomonas spp. Fems Microbiol Lett, 242: 249-256.

Sizova,O.I., Lyubun,E.V., Kochetkov,V.V., Validov,S.Z., and Boronin,A.M. (2004) Effect of wild and genetically modified rhizosphere bacteria Pseudomonas aureofacienson the accumulation of arsenic by plants. Appl Biochem Microbiol 40: 67-70.

Siunova,T.V., Kochetkov,V.V., Validov,S.Z., Suzina,N.E., and Boronin,A.M. (2002) The production of phenazine antibiotics by the Pseudomonas aureofaciensstrain with plasmid-controlled resistance to cobalt and nickel. Microbiology 71: 670-676. (in Russian)

Validov,S.Z., Pan'kova,N.V., Kozlova,E.V., Kuz'min,N.P., Klimenko,V.V., and Boronin,A.M. (1998) Rapid identification of Lactobacillusplantarum by RAPD-PCR. Microbiology 67: 317-322. (in Russian)

Kamilova F., Validov S., Lugtenberg B. (2007) Enrichment for biocontrol bacteria from a crude mixture of rhizobacteria. In Prospects and Applications for Plant-Associated Microbes, A Laboratory Manual, Part A: Bacteria. Pirttila A. M. and Sorvari S. (eds), Finland (In press)

Kamilova F., Validov S., Lugtenberg B. (2007) Biological control of tomato foot and root rot caused by Fusarium oxysporum t sp. radicis-lycopersici. In Prospects and Applications for Plant-Associated Microbes, A Laboratory Manual, Part A: Bacteria. Pirttila A. M. and Sorvari S. (eds), Finland (In press)

Validov S., Kamilova F. and B. Lugtenberg Pseudomonas putida strain PCL1760 controls tomato foot and root rot in stonewool using the mechanism "competition for nutrients in preparation

Validov S.Z., Wang J., Qi S., de Boer M., Lugtenberg B. and F. Kamilova Heterogeneity of phytopathogenic strains of Fusarium oxysporum in preparation

Validov S., Kamilova F. and B. Lugtenberg Monitoring of pathogenic and nonpathogenic Fusarium oxysporum strains during tomato plant infection in preparation

Validov S., Kamilova F. and B. Lugtenberg Biocontrol of tomato foot and root rot in stonewool by Pseudomonas putida strain PCL1760 in a certified greenhouse under industrial conditions in preparation

Чистка лица чистка лица угри.

Запрос на диссертацию присылайте на адрес hotdevil.ru@mail.ru

Библиотека ДИССЕРТАЦИЙ

Шамиль Валидов. Биологический контроль корневой гнили томатов бактериями рода Pseudomonas в исскуственном субстрате (каменном волокне)